带基因名的“火山图”（R傻瓜式万能代码免费分享）

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寄语：

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给大家看一篇2020年Cell的火山图，它是这样的：

那我们医学学霸帮要教大家做更高级的火山图，如下：

本文涉及到的测试数据及代码已经给大家打包好，如下：

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言归正传，火山图是散点图的一种展现形式，一般来说，x轴为实验组基因表达量比上对照组基因表达量的倍数差异（logFC），而y轴则为实验组比对照组之后的p值或者校正后的p值【-log10（adj.p.value）】，图中一个点代表一个基因，而颜色则代表他们是显著上调还是显著下调。

那么，可想而至，绘制火山图，需要三列数据，即logFC、adj.p.value和Symbol基因。这些数据正好是我们差异分析得到的。所以，火山图只是用来可视化那些测序数据差异分析结果而已。

在RNAseq测序中，使用较多的计算差异基因的软件为DESeq2和limma。其差异分析结果文件我们存储在DEGdata.txt文件中，如下：

了解清楚之后，我们正式开始作图。第一步：安装R语言，Rstudio，用Rstudio打开这个傻瓜式万能代码：

第二步、安装包（ggpubr和ggthemes），加载包，读取数据，处理数据。因为纵坐标是【-log10（adj.p.value）】。所以要将adj.p.value转换为【-log10（adj.p.value）】，并画图。

第三步、将adj.P.val小于0.05且上下调大于4倍（logFC的绝对值大于2）的基因筛选出来，并用不同的颜色画出来（如果你想筛选logFC大于1的话就将下面的代码的数字2改为1即可，其他不用变，所以说是傻瓜式万能代码。）。

第四步、使用geom_hline和geom_vline分别添加横向和纵向的辅助线（如果你的筛选基因是logFC大于1，那么就将下图c（-2，2）改为-1，1就行，傻瓜式万能代码）。

第五步、将基因名字可视化出来，这个时候我们就可以看到具体哪些基因上调哪些基因下调了（如果你的筛选基因是logFC大于1，那么就将下图c（-2，2）改为-1，1就行，傻瓜式万能代码）。

第六步、修改成Cell杂志的颜色（如果你的筛选基因是logFC大于1，那么就将下图c（-2，2）改为-1，1就行，傻瓜式万能代码））：

OK。所以这是高级火山图傻瓜式万能代码。长按下方二维码关注公众号《医护人才帮》，回复“数据和万能代码”即可免费领取该测试数据及傻瓜式万能代码：

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